Nato nel 1541 a Diecimo, in provincia di Lucca, in giovane età Giovanni viene avviato alla professione di farmacista, attività che esercita per alcuni anni nel capoluogo toscano. La sua vocazione, però, lo chiamava ad altra cura, quella delle anime. A trent’anni intraprende gli studi teologici e nel 1572 viene ordinato sacerdote. Non sono solo i nostri tempi ad essere tempi di fatica e segnati da ferite, perché anche ai tempi di Leonardi la Chiesa stava affrontando fatiche e difficoltà come quella della Riforma protestante, scossoni che ne richiedevano un profondo rinnovamento fin dal suo interno. Con un gruppo di giovani laici fonda a Lucca la «Compagnia dei Colombini», incentrata sulla preghiera, sulla catechesi ai fanciulli e sulle opere di carità. Da questo primo nucleo prenderà forma nel 1574 la Congregazione dei Chierici Regolari della Madre di Dio, approvata formalmente per l’edificazione del popolo e per la formazione spirituale del clero.

Le colonne portanti della sua spiritualità sono state dinamismo e determinazione verso una società che guardava con sospetto qualsiasi intromissione della chiesa nella vita politica e civile cittadina. Costretto a trasferirsi a Roma farà degli incontri che lo segneranno per sempre, come quello con san Filippo Neri e il cardinale Cesari Baronio.

Al centro della sua spiritualità e del suo programma d’azione risiede la persuasione che la Chiesa non si rinnovi mediante strutture rigide o proteste, ma attraverso la santità personale e la totale adesione a Cristo. Scriveva infatti nei suoi frammenti spirituali:”Cristo innanzitutto. Cristo al centro del cuore, al centro della storia e del cosmo. Di Cristo l’umanità ha estremo bisogno, perché Egli è la nostra misura.”